贼军半渡，纵军掩击，杀虏万余人，贼军大溃，尚让帅众来降。黄巢收千余人奔兖州，克用追至冤句，不及，因获巢幼子及乘舆服器符印，及所掳男女万余人，遂进军到汴州，屯军城外。朱全忠差人固请克用入城，送克用到上源驿宿顿，置酒大会。正是：
满座金钟浮绿蚁，当筵歌拍捧红牙。
那朱全忠排办茶饭，请李克用饮宴。酒醉后，克用乘酒使性气，说了几句大话，朱全忠心不能平。筵宴罢，从行的皆醉了。有宣武将杨彦洪密地与朱全忠商议，将车填塞了道路，遣军将上源驿围了。那李克用正在醉中，鼻鼾齁齁地价睡。亲兵薛志勤、史敬思与全忠诸军格斗，郭景铢扶克用匿床下，以水沃克用面，待他苏醒后，告其事变。克用张开目，手握一张弓，走起。只见烟焰腾空，恰好得一阵大雨，雷电掣光，天地昏暗。薛志勤扶李克用帅左右数人跳过墙，突围走出，乘电光中逃去。史敬思在后拒战，为乱军杀死。朱全忠误将杨彦洪射死了。李克用与薛志勤几个缒城而下。那克用的妻刘夫人，多智略，左右走归的来告事变，夫人立斩之；阴召大将约束军士，不得噪动。次日，天明，李克用要勒兵攻杀朱全忠。刘夫人劝道：「若擅起军相攻，天下谁知曲直？莫若往朝廷告诉，则彼自无辞。」克用听从其言，移书谯责朱全忠。全忠回书道：
前日之变，全忠初不之知；乃朝廷遣使者与杨彦洪商量。今彦洪既已伏辜，愿明公谅察！
李克用即日引军还晋阳。那时有李嗣源的，乃是胡人，名做邈佶烈，本无姓，在军中骁勇无比，年才十七岁，从李克用在上源驿冲突矢石之间，略无所伤。克用收为养子，命名唤做嗣源。
中和四年七月，李克用奉表自陈，告诉朱全忠上源驿谋杀的事。其表曰：
臣李克用，沙陀一酋长耳。父子遭遇大唐恩眷，秉节藩方。顷仗天威，收复长安，使元凶授首，宗庙再安，无非皇帝陛下威断神武，臣何力之有焉。臣帅兵归镇，便道汴梁，朱全忠邀臣入城，馆置于上源驿，俟臣酣醉，使裨将杨彦洪等纵兵围劫，阴欲杀臣，为巢贼报怨。臣部下将佐三百余人，并所带牌印，一时被朱全忠乱军劫去。臣切见朱全忠乃黄巢余孽，阴狡祸贼，异日必为朝廷患。夫救焚者，销之于曲突徙薪之时者易为力；若及燎原而后扑之，则焦头烂额矣。治疽者，疗之于血气方凝之时者易为功；若及溃痈而后治之，则腐肉伤肌矣。臣愚，欲望圣断，遣使按问，削全忠官爵。臣愿奉诏帅本道兵讨之，为国家销患于未萌，诚万全之举也。臣昧死谨言，伏候敕旨！中和四年七月二十日，臣李克用表上。
僖宗得克用所奏，不惟不能治朱全忠之罪，克用前后表凡八上，乃遣杨复恭奉使李克用军，宣谕圣旨。诏云：
览卿所奏，深知卿冤。国事方殷，姑存大体，朕为卿和解，已遣使谕朱全忠矣。廉、蔺结友，寇、贾交欢，先国事而后私怨也。今遣杨复恭谕旨，朕深望卿慕廉、蔺、寇、贾之事焉！就赐金茶合二只，犒军钱五十万缗，帛五百疋。秋凉，旨不多及。
李克用见那诏书不从起兵之请，终郁郁不平，便有攻伐朱全忠的意。八月，进李克用爵为陇西郡王。
光启元年十月，田令孜遣那朱孜、李昌苻合军攻打河中。王重荣诣李克用处求救。克用正怨朝廷不问朱全忠上源驿的公事，练军买马，结托诸胡，议攻汴州。报重荣曰：「待吾先灭全忠。扫除此等鼠辈，如拉败叶耳。」重荣再遣人求救曰：「若待大王自关东还，吾为所虏矣。不若先除君侧小人，退擒全忠，何难之有？」李克用乃上表于朝。表文云：
朱孜、李昌苻凶德参会，与朱全忠相为表里，欲共灭臣。臣不自救，死无所矣。已聚集蕃汉兵十五万，取来年大举入河北，讨平二镇。不近京城，保无惊扰。俟二镇已平，殄歼全忠，少雪上源驿之耻。臣昧死奏闻，伏候敕旨！光启元年十月日，臣李克用表上。
僖宗览克用所奏，遣使谕旨和解。克用不奉诏。十二月，与王重荣合军进屯沙苑，与朱孜、李昌苻战。孜、昌苻败走；李克用进军，迫近京城。田令孜奉僖宗车驾幸凤翔。驾才离长安，而宫室生聚，悉为乱军焚掠一空。
光启二年正月，李克用军还河中，与王重荣同写着表，奏请僖宗还宫；因子田令孜罪状，乞正典刑。僖宗皆不省视。田令孜引兵入宫门，劫僖宗幸宝鸡，从者才数百人，宰相百官皆不之知也。朱孜、李昌苻统邠、岐之兵，进逼车驾，金鼓之声，震动天地。田令孜迫僖宗离宝鸡，使王建将五百人，各执长剑为前驱。僖宗将传国宝授与王建，背负以从，登大敢领。李昌苻纵火烧阁道，王建扶掖僖宗从烟焰中跃过。六月，朱孜立襄王温，权监军国事。襄王遣使者到晋阳，赐李克用诏，言：「主上已晏驾。吾为藩镇所推，今已受册。」克用大怒，焚诏书，囚使者；遣使上表，移檄进讨。诏杨守亮将兵二万出金州，与王重荣、李克用共攻朱孜。
文德元年二月，张全义统军袭攻河阳。李罕芝奔泽州，诣李克用军前告急求救。李克用遣将军康君立督马军七千人，助李罕芝攻张全义。全义诣朱全忠军求援，全忠遣丁会统兵救全义。丁会与李存孝交战，存孝败，康君立引兵